Cilia e flagelli hanno un nucleo composto da microtubuli che sono collegati al membrana plasmatica e disposti in quello che è noto come a Modello 9 + 2. Il modello è così chiamato perché consiste in un anello di nove set accoppiati di microtubuli (doppietti) che circondano due singolari microtubuli. Questo fascio di microtubuli in una disposizione 9 + 2 è chiamato un axoneme. La base di ciglia e flagello è collegata alla cellula modificata centriolo strutture chiamate corpi basali. Il movimento viene prodotto quando i nove insiemi di microtubuli accoppiati degli assoni si spostano l'uno contro l'altro facendo piegare ciglia e flagelli. La dinina della proteina motoria è responsabile della generazione della forza richiesta per il movimento. Questo tipo di organizzazione si trova nella maggior parte delle ciglia eucariotiche e dei flagelli.
La funzione primaria di ciglia e flagelli è il movimento. Sono i mezzi con cui molti microscopici organismi unicellulari e pluricellulari si spostano da un posto all'altro. Molti di questi organismi si trovano in ambienti acquosi, dove sono spinti dal battito di ciglia o dall'azione frusta del flagello.
protisti e batteri, ad esempio, utilizzare queste strutture per spostarsi verso uno stimolo (cibo, luce), lontano da uno stimolo (tossina) o per mantenere la loro posizione in una posizione generale. Negli organismi superiori, le ciglia vengono spesso utilizzate per spingere le sostanze nella direzione desiderata. Alcune ciglia, tuttavia, non funzionano nei movimenti ma nel rilevamento. Ciglia primarie, trovato in alcuni organi e le navi, possono percepire cambiamenti nelle condizioni ambientali. Le cellule che rivestono le pareti di vasi sanguigni esemplificare questa funzione. Le ciglia primarie nelle cellule endoteliali dei vasi sanguigni monitorano la forza di sangue flusso attraverso le navi.Sia le ciglia che i flagelli si trovano in numerosi tipi di cellule. Ad esempio, il sperma di molti animali, alghee persino le felci hanno flagelli. Gli organismi procariotici possono anche possedere un singolo flagello o più. Un batterio, ad esempio, può avere: un flagello situato a un'estremità della cellula (montrico), uno o più flagelli situati ad entrambe le estremità di la cellula (anfitrica), diversi flagelli a un'estremità della cellula (lophotrichous) o flagelli distribuiti intorno alla cellula (Peritrichous). Cilia si trova in aree come il vie respiratorie e tratto riproduttivo femminile. Nel tratto respiratorio, le ciglia aiutano a spazzare il muco contenente polvere, germi, pollinee altri detriti lontano dal polmoni. Nel tratto riproduttivo femminile, le ciglia aiutano a spazzare lo sperma nella direzione dell'utero.