Il primo contatto tra i due paesi avvenne attraverso mercanti ed esploratori. Più tardi, a metà del 1800, diversi rappresentanti degli Stati Uniti si recarono in Giappone per negoziare accordi commerciali, tra cui il commodoro Matthew Perry nel 1852 che trattò il primo trattato commerciale e il Convenzione di Kanagawa. Allo stesso modo, una delegazione giapponese arrivò negli Stati Uniti nel 1860 nella speranza di rafforzare le relazioni diplomatiche e commerciali tra i due paesi.
seconda guerra mondiale vide i paesi contrapposti l'uno contro l'altro dopo che i giapponesi bombardarono la base navale americana a Pearl Harbor, nelle Hawaii, nel 1941. La guerra terminò nel 1945 dopo che il Giappone ebbe enormi conseguenze a causa del bombardamento atomico di Hiroshima e Nagasaki e il firebombing di Tokyo.
Il 14 agosto 1945, il Giappone si arrese portando a un'occupazione da parte delle forze alleate vittoriose. Dopo aver ottenuto il controllo del Giappone, il presidente degli Stati Uniti Harry Truman
nominato generale Douglas MacArthur come comandante supremo delle potenze alleate in Giappone. Le forze alleate lavorarono alla ricostruzione del Giappone, oltre a consolidare la legittimità politica stando pubblicamente dalla parte dell'imperatore Hirohito. Questo ha permesso MacArthur lavorare all'interno del sistema politico. Alla fine del 1945, circa 350.000 militari statunitensi erano in Giappone a lavorare su un'ampia varietà di progetti.Sotto il controllo degli Alleati, il Giappone intraprese una notevole trasformazione caratterizzata dal nuova costituzione del Giappone che enfatizzava i principi democratici, le riforme educative ed economiche e la smilitarizzazione che erano incorporate nella nuova costituzione giapponese. Man mano che avvenivano le riforme, MacArthur spostò gradualmente il controllo politico sui giapponesi, culminando nel Trattato di San Francisco del 1952 che pose fine ufficialmente all'occupazione. Questo quadro è stato l'inizio di una stretta relazione tra i due paesi che dura fino ad oggi.
Il periodo successivo al trattato di San Francisco è stato caratterizzato da una stretta collaborazione tra i due paesi, con 47.000 militari statunitensi rimasti in Giappone su invito dei giapponesi governo. La cooperazione economica ha anche svolto un ruolo importante nelle relazioni con gli Stati Uniti, fornendo al Giappone ingenti aiuti nel periodo postbellico, poiché il Giappone è diventato un alleato nel Guerra fredda. La partnership ha portato alla riemersione dell'economia giapponese che rimane una delle economie più forti della regione.