Non vi erano candidati "presidenziali" alla presidenza alle elezioni del 1800. Secondo la Costituzione degli Stati Uniti, gli elettori hanno fatto due scelte per il presidente e chiunque abbia ricevuto il maggior numero di voti è diventato presidente. La persona con il secondo maggior numero di voti è diventata vicepresidente. Ciò cambierebbe con il passaggio del dodicesimo emendamento.
Nonostante non esistesse un candidato alla vicepresidenza ufficiale, Thomas Jefferson corse con Aaron Burr come suo compagno di corsa. Il loro "biglietto" ha ricevuto il maggior numero di voti e la decisione di chi sarebbe stato presidente è stata data agli elettori. John Adams era accoppiato con Pinckney o Jay. Tuttavia, secondo gli Archivi nazionali, non è stato conservato alcun record ufficiale del numero di voti popolari.
C'è stato un legame elettorale tra Thomas Jefferson e Aaron Burr con 73 voti ciascuno. Per questo motivo, la Camera dei rappresentanti ha deciso chi sarebbe il presidente e chi sarebbe il vicepresidente. A causa di un'intensa campagna di
Alexander Hamilton, Thomas Jefferson è stato selezionato su Aaron Burr dopo 35 votazioni. Le azioni di Hamilton sarebbero un fattore che portò alla sua morte in un duello con Burr nel 1804.