Molti composti vengono purificati per cristallizzazione da una soluzione acquosa. Il cristallo esclude molti contaminanti, tuttavia, l'acqua può entrare nel reticolo cristallino senza essere legata chimicamente al catione del composto. L'applicazione di calore può allontanare quest'acqua, ma il processo in genere danneggia la struttura cristallina. Questo va bene, se l'obiettivo è ottenere un composto puro. Può essere indesiderabile quando si coltivano cristalli per cristallografia o altri scopi.
A volte le due forme sono combinate. Ad esempio, [Cu (H2O)4]COSÌ4· H2O può essere usato per descrivere l'acqua di cristallizzazione del solfato di rame (II).
L'acqua è una piccola molecola polare che viene prontamente incorporata nei reticoli cristallini, ma non è l'unico solvente trovato nei cristalli. In effetti, la maggior parte dei solventi rimane, in misura maggiore o minore, nel cristallo. Un esempio comune è il benzene. Al fine di ridurre al minimo l'effetto di un solvente, i chimici in genere cercano di rimuovere il più possibile usando l'estrazione sotto vuoto e possono riscaldare un campione per scacciare il solvente residuo. La cristallografia a raggi X può spesso rilevare il solvente all'interno di un cristallo.