Tra le molte scelte, queste cinque macchie sono le più comuni, a cominciare dal bromuro di etidio, che è il più utilizzato. Quando si lavora con questo processo, è importante non solo conoscere le differenze tra le macchie ma i rischi per la salute intrinseci.
Il bromuro di etidio è probabilmente il colorante più noto usato per visualizzare il DNA. Può essere utilizzato nella miscela di gel, nel tampone di elettroforesi o per macchiare il gel dopo che è stato eseguito.
Le molecole del colorante aderiscono ai filamenti di DNA e alla fluorescenza alla luce UV, mostrandoti esattamente dove si trovano le bande all'interno del gel. Nonostante il suo vantaggio, il rovescio della medaglia è che il bromuro di etidio è un potenziale cancerogeno, quindi deve essere maneggiato con grande cura.
Il colorante SYBR Gold può essere usato per colorare il DNA a doppio o singolo filamento o per colorare l'RNA. SYBR Gold è stato lanciato sul mercato come una delle prime alternative al bromuro di etidio ed è considerato più sensibile.
Poiché la fluorescenza della molecola non legata è così bassa, non è necessario declinare. Le sonde molecolari titolari di licenza hanno anche (sin dal lancio di SYBR Gold) sviluppato e commercializzato SYBR Safe e SYBR Green che sono alternative più sicure al bromuro di etidio.
Le macchie SYBR Green I e II (di nuovo, commercializzate da Sonde Molecolari) sono ottimizzate per scopi diversi. Poiché si legano al DNA, sono ancora considerati potenziali mutageni e per questo motivo dovrebbero essere maneggiati con cura.
SYBR Green I è di più sensibile per l'uso con DNA a doppio filamento, mentre SYBR Green II invece è migliore per l'uso con DNA a filamento singolo o RNA. Come la famosa colorazione al bromuro di etidio, queste macchie altamente sensibili fluiscono alla luce UV.
Sia SYBR Green I che II sono raccomandati dal produttore per l'uso con "254 nm epi-illuminazione Polaroid 667 nero e pellicola bianca e un filtro fotografico SYBR Green gel stain "per ottenere il rilevamento di 100 pg di RNA o DNA a singolo filamento per gruppo musicale.
SYBR Safe è stato progettato per essere un'alternativa più sicura al bromuro di etidio e ad altre macchie SYBR. Non sono considerati rifiuti pericolosi e possono generalmente essere smaltiti attraverso i normali sistemi fognari (ad es. Verso il basso), poiché i test di tossicità indicano che non esiste tossicità acuta.
Test anche indica c'è poca o nessuna genotossicità su cellule di embrioni di criceto siriano (SHE), linfociti umani, cellule di linfoma di topo o rilevate nel test AMES. La macchia può essere utilizzata con un transilluminatore a luce blu che causa meno danni al DNA visualizzato e offre una migliore efficienza per la successiva clonazione.
È anche una buona scelta se si utilizzano gel a basso punto di fusione per il recupero del DNA. È molto stabile alle alte temperature e ha una fluorescenza molto bassa da solo, ma è altamente fluorescente quando legato al DNA. Eva Green ha anche dimostrato di avere una citotossicità molto bassa o assente o mutagenicità.