In alcune regioni, come l'India meridionale, i regni indù resistettero e persino respinsero contro la corrente musulmana. Il subcontinente affrontò anche le invasioni dei famosi conquistatori dell'Asia centrale Gengis Khan, che non era musulmano, e Timur o Tamerlano, che era.
Questo periodo fu un precursore dell'era Mughal (1526–1857). Il Impero Mughal fu fondato da Babur, un principe musulmano originario dell'Uzbekistan. Sotto in seguito Mughals, in particolare Akbar il Grande, gli imperatori musulmani e i loro soggetti indù raggiunsero una comprensione senza precedenti e crearono uno stato multiculturale, multietnico e religiosamente bello e fiorente.
Nel 1206, un ex mamelucco lo schiavo di nome Qutbubuddin Aibak conquistò l'India settentrionale e fondò un regno. Si chiamò sultano di Delhi. Aibak era un oratore turco dell'Asia centrale, così come i fondatori di tre dei successivi quattro sultanati di Delhi. Un totale di cinque dinastie di sultani musulmani governarono gran parte dell'India settentrionale fino al 1526, quando
Babur spazzato giù dall'Afghanistan per fondare la dinastia Mughal.Nel 1221, il sultano Jalal ad-Din Mingburnu fuggì dalla sua capitale a Samarcanda, in Uzbekistan. Il suo impero Khwarezmid era caduto negli eserciti in espansione di Gengis Khan, e suo padre era stato ucciso, quindi il nuovo sultano fuggì a sud e ad est in India. Sul fiume Indo nell'attuale Pakistan, i mongoli catturarono Mingburnu e le sue 50.000 truppe rimaste. L'esercito mongolo era solo 30.000, ma ha bloccato i persiani contro la riva del fiume e li ha decimati. Potrebbe essere facile dispiacersi per il sultano, ma la decisione di suo padre di uccidere gli inviati mongoli è stata la scintilla immediata che scatenare le conquiste mongole dell'Asia centrale e oltre, in primo luogo.
La dinastia Chola dell'India meridionale ebbe una delle corse più lunghe di qualsiasi dinastia nella storia umana. Fondata nel 300 a.C., durò fino al 1250 d.C. Non c'è traccia di una singola battaglia decisiva; piuttosto, il vicino impero Pandyan crebbe semplicemente in forza e influenza a tal punto da oscurare e gradualmente estinguere l'antica politica di Chola. Questi regni indù erano abbastanza a sud per sfuggire all'influenza dei conquistatori musulmani che scendevano dall'Asia centrale.
Nel 1290, la dinastia mamelucca a Delhi cadde e la dinastia Khilji sorse al suo posto per diventare la seconda delle cinque famiglie a governare il sultanato di Delhi. La dinastia Khilji sarebbe rimasta al potere solo fino al 1320.
Durante il loro breve regno di 30 anni, la dinastia Khilji respinse con successo una serie di incursioni dall'Impero mongolo. L'ultima battaglia decisiva che pose fine ai tentativi mongoli di conquistare l'India fu la battaglia di Jalandhar 1298, in cui l'esercito Khilji massacrò circa 20.000 mongoli e scacciò i sopravvissuti dall'India per bene.
Nel 1320, una nuova famiglia di sangue misto turco e indiano prese il controllo del sultanato di Delhi, iniziando il periodo della dinastia Tughlaq. Fondata da Ghazi Malik, la dinastia Tughlaq si espanse a sud attraverso l'altopiano del Deccan e conquistò la maggior parte dell'India meridionale per la prima volta. Tuttavia, questi guadagni territoriali non durarono a lungo. Nel 1335, il Sultanato di Delhi si era ridotto di nuovo nella sua area abituata nel nord dell'India.
È interessante notare che il famoso viaggiatore marocchino Ibn Battuta è stato un Qadi o giudice islamico alla corte di Ghazi Malik, che aveva preso il nome di trono di Ghyasuddin Tughlaq. Non è stato favorevolmente impressionato dal nuovo sovrano dell'India, deplorando le varie torture usate contro le persone che non sono riuscite a pagare le tasse, tra cui gli occhi strappati o il piombo fuso si riversavano sui loro gola. Ibn Battuta era particolarmente sconvolto dal fatto che questi orrori fossero perpetrati contro musulmani e infedeli.
Mentre il potere di Tughlaq scemava rapidamente nell'India meridionale, un nuovo impero indù si precipitò a colmare il vuoto di potere. L'Impero Vijayanagara avrebbe governato per più di trecento anni dal Karnataka. Ha portato un'unità senza precedenti nell'India meridionale, basata principalmente sulla solidarietà indù di fronte alla minaccia musulmana percepita a nord.
Sebbene i Vijayanagara potessero unire gran parte dell'India meridionale, persero presto il fertile Altopiano Deccan che si estende attraverso la vita del subcontinente a un nuovo sultanato musulmano. Il sultanato Bahmani fu fondato da un ribelle turco contro i Tughlaq chiamato Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Allontanò il Deccan dal Vijayanagara e il suo sultanato rimase forte per più di un secolo. Nel 1480, tuttavia, il sultanato Bahmani subì un forte declino. Nel 1512, cinque sultanati più piccoli si erano staccati. Quindici anni dopo, lo stato Bahmani centrale era scomparso. In innumerevoli battaglie e schermaglie, i piccoli stati successori riuscirono a evitare la totale sconfitta dell'Impero Vijayanagar. Tuttavia, nel 1686, lo spietato imperatore Aurengzeb dei Moghul conquistò gli ultimi resti del sultanato Bahmani.
Il Sultanato del Madura, noto anche come Sultanato del Ma'bar, era un'altra regione governata dai turchi che si era liberata dal Sultanato di Delhi. Con sede nell'estremo sud del Tamil Nadu, il Sultanato del Madura è durato solo 48 anni prima di essere conquistato dal Regno Vijayanagara.
Il quattordicesimo secolo del calendario occidentale finì nel sangue e nel caos per la dinastia Tughlaq del sultanato di Delhi. Il conquistatore assetato di sangue Timur, noto anche come Tamerlano, invase l'India settentrionale e iniziò a conquistare le città dei Tughlaq una per una. I cittadini delle città colpite furono massacrati, le loro teste mozzate ammucchiate in piramidi. Nel dicembre del 1398, Timur prese Delhi, saccheggiando la città e massacrando i suoi abitanti. I Tughlaq rimasero al potere fino al 1414, ma la loro capitale non si riprese dal terrore di Timur per più di un secolo.