Sulla base di reperti archeologici, è stato ipotizzato che ominide l'attività in Giappone potrebbe risalire a 200.000 AVANTI CRISTO. quando le isole erano collegate alla terraferma asiatica. Sebbene alcuni studiosi dubitino di questa prima data per abitazione, la maggior parte concorda sul fatto che intorno al 40.000 a.C. la glaciazione aveva ricollegato le isole con la terraferma.
Popolazione della terra del Giappone
Sulla base di prove archeologiche, concordano anche che tra il 35.000 e il 30.000 a.C. Homo sapiens era emigrato nelle isole dall'Asia orientale e sud-orientale e aveva modelli consolidati di caccia e raccolta e fabbricazione di utensili in pietra. Strumenti di pietra, siti di abitazione e fossili umani di questo periodo sono stati trovati in tutte le isole del Giappone.
Il periodo Jomon
I modelli di vita più stabili hanno dato origine a circa il 10.000 a.C. per Neolitico o, come sostengono alcuni studiosi, Mesolitico cultura. Forse antenati lontani degli aborigeni Ainu del Giappone moderno, membri dell'eterogenea cultura Jomon (ca. 10.000-300 a.C.) lasciò il più chiaro reperto archeologico. Nel 3000 a.C., il popolo Jomon stava realizzando figure in argilla e vasi decorati con motivi realizzati impressionando il argilla bagnata con cordone intrecciato o non intrecciato e bastoncini (Jomon significa "trame di treccia") con la crescita sofisticazione. Queste persone usavano anche strumenti di pietra scheggiata, trappole e archi ed erano cacciatori, raccoglitori e abili pescatori costieri e di acque profonde. Hanno praticato una forma rudimentale di agricoltura e hanno vissuto in grotte e successivamente in gruppi di entrambi temporanei abitazioni di fossa poco profonde o case fuori terra, lasciando ricchi spazi di cucina per moderni studi antropologici.
Alla fine del periodo Jomon, secondo studi archeologici si era verificato un drammatico cambiamento. La coltivazione incipiente si era evoluta in sofisticata agricoltura della risaia e controllo del governo. Molti altri elementi della cultura giapponese potrebbero anche risalire a questo periodo e riflettere una migrazione mista dal continente asiatico settentrionale e dalle aree del Pacifico meridionale. Tra questi elementi ci sono la mitologia scintoista, le usanze matrimoniali, gli stili architettonici e gli sviluppi tecnologici, come laccature, tessuti, lavorazione dei metalli e fabbricazione del vetro.
Il periodo Yayoi
Il prossimo periodo culturale, lo Yayoi (prende il nome dalla sezione di Tokyo dove sono state condotte ricerche archeologiche scoperto le sue tracce) fiorì tra il 300 a.C. circa e 250 d.C. dal sud del Kyushu al nord Honshu. Le prime di queste persone, che si pensa siano emigrate dalla Corea nel nord del Kyushu e si siano mescolate con il Jomon, hanno usato anche strumenti di pietra scheggiata. Sebbene la ceramica dello Yayoi fosse tecnologicamente più avanzata, era più semplicemente decorata degli articoli Jomon.
Gli Yayoi fabbricarono campane, specchi e armi cerimoniali non funzionali in bronzo e, entro il I secolo d.C., strumenti agricoli e armi in ferro. Man mano che la popolazione aumentava e la società diventava più complessa, tessevano tessuti, vivevano in villaggi agricoli permanenti, costruiti edifici di legno e pietra, accumulato ricchezza attraverso la proprietà fondiaria e lo stoccaggio del grano e sviluppato distinti social classi. La loro cultura irrigua del riso umido era simile a quella della Cina centrale e meridionale, e richiedeva input pesanti del lavoro umano, che ha portato allo sviluppo e all'eventuale crescita di una società agraria altamente sedentaria.
A differenza della Cina, che ha dovuto intraprendere grandi opere pubbliche e progetti di controllo delle acque, portando a un governo altamente centralizzato, il Giappone aveva acqua abbondante. In Giappone, quindi, gli sviluppi politici e sociali locali erano relativamente più importanti delle attività dell'autorità centrale e di una società stratificata.
Le prime notizie scritte sul Giappone provengono da fonti cinesi di questo periodo. Wa (la pronuncia giapponese del primo nome cinese per il Giappone) fu menzionata per la prima volta nel 57 d.C. I primi storici cinesi descrissero Wa come una terra di centinaia di comunità tribali sparse, non il terra unificata con una tradizione di 700 anni come stabilito nel Nihongi, che pone le fondamenta del Giappone 660 a.C.
Fonti cinesi del terzo secolo riferirono che il popolo Wa viveva di verdure crude, riso e pesce servito su vassoi di bambù e di legno, aveva relazioni vassallo-padrone, riscosse tasse, aveva granai e mercati provinciali, batté le mani in adorazione (qualcosa ancora fatto nei santuari shintoisti), ebbe violente lotte per la successione, costruì tumuli di terra e osservò lutto. Himiko, una donna sovrana di una prima federazione politica conosciuta come Yamatai, fiorì durante il terzo secolo. Mentre Himiko regnava come leader spirituale, suo fratello minore svolgeva affari di stato, tra cui relazioni diplomatiche con la corte della dinastia cinese Wei (220-65 d.C.).